創(chuàng)建于19、20世紀之交的圣約翰大學醫(yī)學院、震旦大學醫(yī)學院和同德醫(yī)學院三座古老的醫(yī)學殿堂，于1952年合并成立了上海第二醫(yī)學院，1985年改名上海第二醫(yī)科大學。2005年7月，兩所有著百余年辦學歷史的大學??上海交通大學和上海第二醫(yī)科大學合并，成立了新上海交通大學和上海交通大學醫(yī)學院。
醫(yī)學院堅持發(fā)揚“海納百川、博采眾長”的優(yōu)良傳統(tǒng)，大力弘揚“博極醫(yī)源、精勤不倦”的醫(yī)學院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學風格和特色。兩校合并之后，醫(yī)學院人在“除人類之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“飲水思源、愛國榮�！钡呢熑闻c夢想。
學院擁有一批國內(nèi)著名的醫(yī)學專家和學者，有中國科學院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學家8人等一批在國內(nèi)外有一定影響的學者。有博士后流動站4個，一級學科博士點5個，二級學科博士點32個，二級學科碩士點42個。本科以上學生六千余名，其中研究生近50％。
在黨的教育方針指導下，以“一流交大，一流醫(yī)學院”為目標的交大醫(yī)學院，以塑造高素質(zhì)精英、培養(yǎng)創(chuàng)新能力為人才培養(yǎng)目標，教學質(zhì)量有了很大的提高。目前設有臨床醫(yī)學八年制和口腔醫(yī)學七年制本博和本碩連讀的長學制專業(yè)，有臨床醫(yī)學、預防醫(yī)學、醫(yī)學檢驗、護理學、營養(yǎng)學等本科專業(yè)。其中，臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、醫(yī)學檢驗、護理學專業(yè)為教育部特色專業(yè)。教育部學位與研究生教育發(fā)展中心公布的《學位學科評估高校排名結(jié)果》，我院臨床醫(yī)學專業(yè)和口腔醫(yī)學專業(yè)分列排名第一、二位。
學院歷來重視基礎與臨床教學基地建設，在長期的醫(yī)學教育實踐中，形成了重視臨床實踐、全面提高素質(zhì)、嚴格質(zhì)量把關、力求改革創(chuàng)新的教學傳統(tǒng)和特色。目前擁有7所綜合性附屬醫(yī)院和5所�？菩愿綄籴t(yī)院和16個臨床教學中心，核定床位12000余張，是全國臨床教學資源最豐富的醫(yī)學院校，也是教育部本科教學工作水平評估“優(yōu)秀”學校。設有臨床醫(yī)學院的附屬瑞金醫(yī)院、仁濟醫(yī)院、新華醫(yī)院、上海市第九人民醫(yī)院、上海市第六人民醫(yī)院、上海市第一人民醫(yī)院均為衛(wèi)生部命名的三級甲等綜合性醫(yī)院。
學院學術氣氛濃厚，學科優(yōu)勢明顯，現(xiàn)有國家教育部重點學科14個，國家重點實驗室和工程中心3個，教育部重點實驗室和工程中心4個，衛(wèi)生部重點實驗室4個，世界衛(wèi)生組織（WHO）合作中心3個，及一批“211工程”重點建設學科。學院科研成果卓著，科研項目經(jīng)費數(shù)始終在國內(nèi)醫(yī)學院校中處于領先地位�？蒲许椖�、科研經(jīng)費及國家重大重點項目承擔數(shù)在全國醫(yī)學院校中處于領先地位�！笆晃濉逼陂g，學院以第一完成單位共獲得市（部）級科技成果獎180項，其中國家自然科學二等獎1項，國家技術發(fā)明二等獎1項，國家科技進步二等獎14項，王振義院士榮獲2010年度國家最高科學技術獎。
目前，學院與美國、法國、日本、比利時、澳大利亞、瑞典、香港等19個國家或地區(qū)的61所大學及科研機構(gòu)開展了廣泛的合作和交流；聘請了250多位外國專家為名譽教授、顧問教授和客座教授；與世界衛(wèi)生組織、聯(lián)合國人口基金會、美國民間健康基金會等建立了廣泛的友好合作關系。
學院地處上海市中心繁華地區(qū)。原震旦大學的法式建筑鑲嵌在園林式的綠色叢中。為適應醫(yī)學教學的發(fā)展，四百畝閔行的醫(yī)學院新校區(qū)正在規(guī)劃之中。
